Ekosistemet e lagunave janë ndër habitatet më të rëndësishme për biodiversitetin në Mesdhe sepse krijojnë një zonë kalimtare mes detit dhe tokës. Kjo përzierje e ujërave të kripura dhe të ëmbla krijon kushte ideale për shumë specie peshqish, shpendësh dhe bimësh që nuk mund të mbijetojnë në mjedise të tjera.
Lagunat shërbejnë si “çerdhe natyrore” për peshqit dhe si stacione të domosdoshme për shpendët migratorë që udhëtojnë mes Europës dhe Afrikës. Specie të rralla si pelikanët, flamingot dhe shumë zogj ujorë varen nga këto zona për ushqim, folezim dhe pushim gjatë migrimit.
Përveç biodiversitetit, lagunat ndihmojnë edhe në mbrojtjen e bregdetit nga erozioni dhe përthithjen e karbonit, duke luajtur rol të rëndësishëm në luftën kundër ndryshimeve klimatike. Prandaj ruajtja e tyre konsiderohet thelbësore për ekuilibrin ekologjik të gjithë rajonit mesdhetar.
