Shumë njerëz që kanë një problem në stomak shqetësohen nga kafeja pa e kuptuar. Për këtë, shpesh, fajësojnë ushqimin, por kafeja mund të jetë shkaktarja kryesore e dhimbjes në stomak.
Edhe pse një sasi e vogël kafeje mund të ndihmojë me dhimbjen e kokës, tejkalimi i dozës së duhur të kafeinës mund të shkaktojë dhimbje koke.
Në këtë rast flasim për një sasi prej pesë ose më shumë filxhanë në ditë.